如何保证组装结果的可靠性？对于组装的结果，除了保证Contig N50和Scaffold N50两项指标外，还需要对组装质量进行评估。如利用EST数据和RNA数据进行完整性评估，即评估组装出来的基因的完整性；利用BAC数据检验是否有装断或装错的情况，以及利用保守基因评估（CEGAM评估／BUSCO评估）基因组组装的完整性。 小片段和大片段的DNA样品是否需要是一样的？（Survey和基因组 de novo 所用DNA是否需要一样的？）原则上进行 Survey 和 de novo 使用的 DNA 是来自一个个体的。如果DNA量不足以满足整个de novo项目，则建议小片段文库的DNA必须来自同一个体，大片段文库使用同一群体的另一个个体。 若样品提取困难，样品量不足，有什么办法…

哪些物种可以研究WGBS?要做全基因组甲基化分析，对物种有以下要求：a. 物种为真核生物；b. 物种具有参考基因组，至少拼接到scaffold水平；c. 具有较为完整的注释。 全基因组甲基化测序有哪些优势？在全基因组水平，单碱基分辨率检出甲基化位点，不仅能够高精度发现CpG岛等常见区域的甲基化水平的变化，还能够分析gene body区，基因间区等区域的甲基化水平的差异，分析甲基化对染色体的状态以及基因结构变化的影响，从多维度分析解决生物学问题。

没有参考基因组的物种，可以做small RNA测序吗？无参考基因组的物种可以开展small RNA测序研究，但是需要先做无参转录组拼接转录本，以转录本作为参考序列用于small RNA测序分析。 已知miRNA分析中，样品的首位及各位碱基的偏好性统计图可以说明什么？miRNA前体发育为成熟体的过程是由Dicer酶酶切完成，酶切位点的特异性使得miRNA成熟体序列首位碱基对U具有很强的偏向性,而对G却排斥，但第二到四位缺乏U，一般来讲，除第四个碱基外，其他位置通常都缺乏C。 sRNA测序完成后如何进行实验验证?sRNA后续实验验证的方法有很多：1. qPCR，验证microRNA的表达；2. RIP-seq，通过RIP技术富集得到具有甲基化修饰的RNA或与目的蛋白特异结合…

用芯片技术和用二代测序技术分析circRNA有什么区别？芯片技术只能检测已知的circRNA，而且噪音信号比较大，现在对circRNA的研究相对较少，对circRNA的注释不全面；另外，circRNA的表达具有很强的时空特异性，我们又难以保证实验处理条件下获得的数据和数据库中收录的数据吻合，因此可能丢失大量特异表达的circRNA；二代测序技术使用先进软件对样本中circRNA进行筛选，不仅能分析已知的circRNA，更能获得新的circRNA，进一步丰富对circRNA的研究。 circRNA与lncRNA的差别是什么？结构上：circRNA没有自由的5’端和3’端功能上： circRNA功能研究比较单一，现在对于其是否能够像lncRNA一样在染色体水平、蛋白 质水平上具有调控作用…

哪些物种可以研究lncRNA？要做lncRNA分析，对物种有以下要求：a. 物种为真核生物；b. 物种具有参考基因组，至少拼接到scaffold水平；c. 具有较为完整的注释。 lncRNA测序，构建文库时为什么要去除rRNA？lncRNA中只有lincRNA的3’端带有polyA结构，其他lncRNA没有polyA结构，因此，为了获得更全的lncRNA信息，不建议采用oligo(dT)磁珠富集的方式。 lncRNA靶基因预测是怎么实现的？lncRNA作为调控性RNA，调控靶基因的方式主要有co-location与co-expression。co-location靶基因预测基本原理认为lncRNA的功能与其坐标临近的蛋白编码基因相关,于是将lncRNA临近位置的（上下游100K）蛋白编码基因筛出来作为其靶基因。co-expression靶基…

扩增子测序诺禾用Ion S5 XL平台，该平台有什么优势？Ion S5 XL所采用的技术为半导体测序，通过半导体芯片直接将化学信号转换为数字信号。该系统无激光光源，无光学系统，无照相系统；使用无标记的核苷酸及酶进行测序通过对H+ 的检测，明显改善碱基判读准确性。相比Illumina HiSeq PE250，该平台读长更长，无需拼接，周期更短。 16S测序哪个区域比较合适？艾基生物提供的几个测序区域来自文献调研，但是目前并没有研究表明哪个测序区域更好。有文章研究表明土壤样本，16S V4区（515F-806R）比较适合做扩增子研究，可检测的物种多样性更丰富，并且可重复性强（PNAS. 2013. 110(16): 6548-6553.）。 若关注环境中的真核微生物多…

重测序与基于基因组的变异检测有何差异？基于基因组的研究，可以比重测序获得更多变异信息，特别是基因组中高变异的区域，以及部分新基因信息。此外，对于亲缘关系较远的菌株，由于高变区域较多，借助基因组手段效果会更理想。而重测序的优势主要在于成本方面。对于大量近缘菌株间的进化研究，用重测序结果作为研究基础是足够的，可以用同样的费用获得更多材料的变异信息。 基于重测序和基于单拷贝基因的进化分析有何差异？进化分析的基本要求，是找到不同基因组之间共有的保守序列，并通过序列间的差异，使用合适的数学模型构建菌株间的进化关系，通过重测序和单拷贝基因都能达到这样的目的。由于采用的数据集合有所差异，因此个…

土壤样品制备注意事项？采样时，去除表面浮土，使用乙醇火烧的铲子挖取地下5~20厘米的土层,去除可见根后,土壤过2毫米筛网，每个样品从3个采样点采集并混合而成,其中样品量为5g，将采集的土壤样品保存于无菌离心管中,置于0℃以下，待样品采集完毕后,运回实验室，用于抽提DNA，如不能马上实验，请将土壤样品迅速冻存于-20℃冰箱。 粪便样品制备注意事项？粪便的保存，可放在-80℃，根据经验，取内部粪便提取基因组最好，但是不易操作。由于粪便自身的特殊性，建议随时收集随时保存，以便达到最优的DNA提取效果。 对于宏基因组项目，怎么排除宿主污染？1. 取样时，尽量不要取靠近组织的部位；2. 提取的时候采用相应的试剂盒；…

检测新菌株的变异，通过比较基因组或重测序均可以实现，应该如何选择？比较基因组和重测序的手段都可以检测获得新菌株的变异信息，不过两种方法在应用场合上还是有一定区别的。一般重测序手段，由于序列读长限制，为保证比对准确率，一般仅保留相似度95%以上的比对结果，对于变异较大的区域，往往检测效果不理想。由于细菌进化速率较快，除了个别诱变获得的菌株外，都存在不同含量变异较大的区域，一般来说比较基因组的变异检测效果会更加全面一些。考虑到基于细菌框架图的比较基因组，分析费用与细菌重测序相比增加不多，通常情况下我们都会推荐比较基因组的分析策略。 为何完成图选择三代测序平台？受测序片段长度的限制，细菌…

哪些物种可以做ChIP-Seq？物种为2倍体，基因拼接至染色体水平（NCBI），注释完整（GTF文件）即可。 Input和IP样本之间的关系是什么？Input和IP属于两个样本，在前期检测、建库、测序都是平行进行的，但是分析中需要将两个样本的测序数据进行整合分析，得出最终的peak结果，并进行后续分析。 Input是什么？有什么作用？我们将DNA或者RNA片段化后，在进行免疫沉淀前，需要取一部分断裂后的染色质做Input对照（不进行免疫沉淀过程）。Input是断裂后的基因组DNA或者RNA，需要与沉淀后的样品DNA/RNA一起经过逆转交联，DNA/RNA纯化，以及最后的PCR或其他方法检测。通过后续数据分析，我们可以通过Input对照排除背景噪音（排除因…

外显子测序适用于什么种类的研究？在人类基因中大约有180,000个外显子，外显子CDS区大小占人类基因组的1～2%，约30 Mb。人类基因组的蛋白编码区大约包含85%的致病突变。外显子组测序主要是针对编码区进行检测，所以外显子组测序主要适用于编码区潜在变异引起的疾病研究。测序性价比高，尤其适合高深度、大样本量的测序，可找出常见突变及低频突变。主要应用在孟德尔遗传病及肿瘤等复杂疾病的研究。 外显子测序可以检测哪些类型的变异？外显子捕获是一个杂交捕获的过程，探针与不同外显子区段的杂交效率并不相同，进而不同外显子区段的覆盖深度差异较大，因此通常外显子测序不能用于CNV的检测。但我们采用国际主流软件和长期优化的分析…