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CRISPR sgRNA 文库服务

 

服务简介



          CRISPR-Cas9 技术作为最被广泛接受的基因编辑工具,具有精准、廉价、易于使用的特点。 由于基因组序列中PAM序列的广泛存在,运用CRISPR-Cas9技术基本能实现对基因组中所有基因的编辑。CRISPR文库基于CRISPR/Cas9技术建立高通量基因筛选方案,通过微阵列技术合成高质量寡核苷酸序列,高通量的构建sgRNA质粒文库,包装慢病毒后以低MOI(通常<0.3)感染待筛选细胞,确保一个细胞只进入一种sgRNA,再给细胞加以筛选因素(如药物处理、低氧处理、病毒感染或细胞本身的生存能力等),收集筛选后不同时间段(0 day/7day/14day)的细胞进行NGS测序,正向筛选或负向筛选分析实验组与对照组之间sgRNA的丰度变化情况,获得与筛选因素相关的靶基因。艾基生物整合多个技术平台,可提供CRISPR sgRNA文库的一站式合成及基因功能筛选服务,包括快速高效地实现sgRNA oligo pool合成及文库构建,质粒制备,病毒包装,细胞转染、NGS测序和数据分析。

 

服务流程 



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服务优势



1、丰富的基因合成和建库经验,确保文库的多态性和均一性, 文库可达108


2、根据客户自身需求选择sgRNA表达载体,并提供转染级质粒。


3、提供从sgRNA设计、文库构建到慢病毒包装的一站式服务。

 


应用案例



维莫非尼 (vemurafenib,PLX) 是一种用于治疗BRAF V600突变阳性的不可切除或转移性黑色素瘤的药物,癌细胞产生的突变可以对该药物产生抗性。科学家试图找到导致黑色素瘤中对BRAF蛋白激酶抑制剂维莫非尼(PLX)产生耐药性的基因靶点,以A375细胞为模型,应用GeCKO正向选择,确定发生敲除的导致抗药性的基因,并针对新靶点开发药物。

 

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A:A375黑色素瘤细胞PLX耐药筛查时间线 

B:暴露于PLX的条件下,导致转导的A375细胞生长停滞,这些细胞携带V600E功能获得BRAF突变

因此能够富集一小群通过Cas9/sgRNA介导的编辑而变得耐药的细胞。Vehicle是对照组

 



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PLX处理14天后,与对照处理的细胞相比,sgRNA分布显著不同(Wilcoxon秩和检验,P < 10−10),并且与所有其他条件分开聚集。

 

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作者发现一个小的基因集,在PLX处理14天后,靶向每个基因的多个sgRNA富集,这表明这些特定基因的丢失有助于A375细胞获得PLX抗性。

 

示例图

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Shalem Ophir,Sanjana Neville E,Hartenian Ella et al. Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout screening in human cells.[J] .Science, 2014, 343: 84-87.



参考文献


  

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