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基因启动子序列查找及启动子与转录因子结合位点预测步骤

日期:2021-12-10

        在研究基因转录调控的过程中,大家经常看到构建某个基因启动子的荧光素酶报告质粒或者预测与某基因启动子结合的转录因子,无论哪种,首先得查找到某基因的启动子序列。
        能查到启动子序列的网站很多,pubmed,ensemble,UCSC 等等,那我们给大家介绍一下比较简单容易上手的查找方式,例如非常强大的NCBI数据库如何查找启动子的详细介绍,而promoter和TF的结合通过什么网站预测的呢?



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基因启动子序列查找步骤

1.打开NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/进入首页,在①处下拉选择gene,②处输入基因名称或ID编号,点击Search进行查找。

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2. 例:基因名称:B4GALT1,物种:human。主要从名称,ID号,物种,别称等信息确定要查找的基因。

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3.选择点击目的基因,检查基因名称及物种是否符合要求。

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注意观察启动子的方向,点击GenBank;

反向:

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正向:

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① 若为反向:将数值较大的数复制到

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并+1得到新数值,将数值较大的数+2000后填入

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,点击下方Update View即可得到基因的启动子序列。如下图:

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② 若为正向:将数值较小的数复制到

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-1得到新数值,将较小的数值-2000填入

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,点击下方Update View即可得到基因的启动子序列。

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启动子与转录因子结合位点预测

相关网站:http://jaspardev.genereg.net/ (2014版)

       http://jaspar.genereg.net/ (2020版)


1. 找出相关的启动子的序列(方法如上)

2. 进入网站http://jaspardev.genereg.net/ (2014版),根据不同的物种选择不同的分类,如下图:

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3. 以B4GALT1,Mus musculus为例:

选择JASPAR CORE Vertebrata(脊椎动物)进入以下页面,勾选所有物种为Mus musculus,在右侧的空白框内输入已找到的B4GALT1启动子序列,点击SCAN。

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4. 该启动子与转录因子结合位点预测的结果如图所示:另存为该网页,用word文档打开即可。

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