欢迎访问广州艾基生物技术有限公司官方网站 !
首页 > 科研服务 > 高通量测序服务 > 微生物基因组denovo测序

服务介绍  Service Introduction




        近年来,病原微生物的基因组研究取得了飞速的发展。所谓基因组研究是指对微生物的全基因进行核苷酸测序,在了解全基因结构基 础上,研究各个基因单独或数个基因间相互作用的功能。通过基因组研究,从根本上揭示了微生物的全部基因,不仅可发现新的基因间相 互作用,新的调控因子等,这一研究将使人类从更高层次上掌握病原微生物的致病机制及其规律。从而得以发展新的诊断、预防及治疗微 生物感染的制剂、疫苗及药品。

       根据研究目的不同,微生物基因组测序主要分为四种类型:微生物基因组调查、微生物基因组框架图、精细图和完成图。我公司利用 illumina 平台进行细菌基因组测序,采用短片段高覆盖度测序,结合 illumina 末端配对测序,为不同测序研究提供个性化方案。

 

 

组装评估标准 Assembly Evaluation Standard




       

服务种类

完成标准

微生物基因组调查

测序深度达到50X

微生物基因组框架图

基因组覆盖度大于95%,基因区覆盖度大于98%

微生物基因组精细图

基因组覆盖度大于98%,基因区覆盖度大于99%

 

技术流程 Technical Procedures




       图片5

 

生物信息学分析 Bioinformatics Analysis




生物信息学分析

基因组调查信息分析

基因组精细图信息分析

基因组框架图信息分析

基因组完成图信息分析

原始数据统计       

 原始数据统计

原始数据统计  

原始数据统计         

 序列的初步组装    

  序列组装

 序列组装       

 序列组装    

基因组大小的预测    

  ORF 预测和基本功能注释 

ORF 预测和基本功能注释 

ORF 预测和基本功能注释      

GC 含量和重复序列的预测 

  完成图绘制的建议 

精细图绘制的建议    

比较基因组学和功能基因组学的分析

 

样品要求  Sample Requirements




实验类型

RNA样品总量

样品浓度和纯度

样品保存

样品选择

微生物基因组denovo测序

小片段文库样品制备需要总量 3 μg 的样品,mate-pair 文库(2 kb、5 kb、10 kb)样品制备需要 10-50 μg 的样 

样品浓度 >100 ng/μl,OD260/280 介于 1.8-2.0 之间,无肉眼可见污染 

请选择干粉、酒精、TE 或超纯水的保存方式之一。

对于细菌和真菌样品,希望尽量来自于同一个菌株,不要有宿主 DNA 污染

 


热门科研服务
020-89053723
广州艾基生物技术有限公司
邮箱:ige_info@163.com
QQ:1787730693
地址:广州国际生物岛螺旋三路12号三期四栋301

版权所有 © 广州艾基生物技术有限公司 粤ICP备2021146096号
在线客服
  • 售前客服 点击这里给我发消息
  • 售后客服 点击这里给我发消息
  • 客服电话:
  • 020-89053723
  • 在线客服