服务介绍  Service Introduction

        基因组de novo 测序，即基因组从头测序，是指不依赖已知的基因组序列信息，对某个物种的全基因组序列进行测序，然后利用生 物信息学手段对测序序列进行拼接、组装，从而获得该物种的全基因组序列图谱。全基因组序列图谱的构建将全面加深对该物种起源进化 以及对特定环境适应性过程的理解，为今后在该物种内发现新基因以及物种改良起到巨大的作用，为基因组学研究搭建一个高效的平台； 为后续的基因挖掘、功能验证提供 DNA 序列信息。

       通过漫长的物种形成和进化，不同的物种基因组的杂合度和基因组上的重复区域不尽相同。一般杂合度不超过 0.5%、重复序列含量 不超过 50%、GC 含量为 35% 到 65% 之间的单倍体或二倍体动植物基因组定义为简单基因组。而动植物复杂基因组是指 GC 含量小于 35% 或大于 65%，重复序列高于 50% 或杂合率大于 0.5% 的二倍体或多倍体的动植物基因组。

       利用 illumina 测序技术，构建插入片段大小为 180 bp、300 bp、500 bp、2 kb、5 kb、10 kb、20 kb 等大小不同的测序文库， 进行 125 bp/150 bp/250 bp 的双末端测序。其中插入片段长度超过 1 kb 的文库称之为 mate-pair 文库，长片段文库的构建便于基因组 组装过程中的重复序列定位。当测序的总体深度达到 70× 以上时，即可保证基因组拼接所需数据及序列中单碱基的准确性。

技术流程 Technical Procedures

提供的服务 Services

   基因组调查：评估基因组的 GC 含量、重复度、杂合度，并估计基因组的大小。 

   基因组拼接统计：拼接统计，包括原始数据统计、测序深度、Contig N50、Scaffold N50、基因组 GC 含量等。 

    基因组注释及基因功能分类：包括基因预测、功能注释、ncRNA 注释、重复序列分析以及 GO 分类、KEGG 通路分析。

     比较基因组及进化分析：核苷酸水平共线性分析，氨基酸水平共线性分析，基因簇分析以及进化关系。

组装评估标准 Assembly Evaluation Standard

样品要求  Sample Requirements