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服务介绍  Service Introduction




      长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)是一类长度超过 200 nt ,不编码蛋白质的RNA分子。通过与 DNA、RNA 或蛋白质结合,在表观遗传、 转录及转录后等水平调控基因的表达,从而普遍参与动植物的各种生理学过程。lncRNA 测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有 lncRNA 和 mRNA,并根据已知数据库进行详细注释。

实验流程  Experimental Procedures




图片1 

分析流程 Technical Procedures




      图片2

 

样品要求  Sample Requirements




实验类型

RNA总量

样品浓度和纯度

样品质量

样品保存

样品运输

样品选择

lncRNA测序

≥ 3.0μg

>50 ng/μl,OD260/280 介于 1.8-2.0 之间,无肉眼可见污染 ; 

使用 Agilent Bioanalyzer 仪器检测,则获得的总的 RNA 28S:18S >1,RIN>7.0

请选择DEPC 水保存样品,并在样品信息单中注明 

样品请置于 1.5 ml 管中,并使用封口膜封好,放置足够的干冰运输

对于细菌和真菌样品,希望尽量来自于同一个菌株,不要有宿主 DNA 污染

 

实验周期 Turnaround Time




      Illumina Novaseq6000PE150,45 个自然日,测序量:12 Gb Rawdata。     

 

结果展示 Overview of Result




 

图片3 

全基因组覆盖度分布图,每条染色体(scaffold)偏红色区域为平均深度高的区域,偏蓝色为低的区域,没有覆盖的区域为白色。

图片4 

样品PCA图,如果两个样本距离越远,则说明两个样本 reads 分布的差异越大。反之,则说明相应样本 reads 整体分布模式越接近。所以,PCA 分析常用于评估样本重复性的好坏。

图片5 

差异基因火山图,可直观显示表达差异显著性整体分布情况能够得到在不同处理或不同表型的样品之间表达显著差异的lncRNA,这些lncRNA对应的基因或者靶向的基因可能在不同处理或者不同表型中发挥功能。

图片6 

差异基因聚类热图,差异基因聚类分析用于判断基因在不同实验条件下调控模式的聚类模式。根据样品基因表达谱的相近程度,将基因进行聚类分析,直观地展示基因在不同样品(或是不同处理)中的表达情况,由此获取生物学相关信息。

图片7 

差异基因 KEGG 富集通路图得到差异表达的lncRNA和mRNA之后。针对lncRNA,对lncRNA靶基因进行GO和KEGG富集分析和蛋白络互作分析;


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