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转录组测序


服务介绍  Service Introduction



        转录组,广义上指在相同环境(或生理条件)下的一个细胞、组织或生物体中出现的所有 RNA 的总和,包括信使 RNA(mRNA) 核糖体 RNA(rRNA)、转运 RNA(tRNA)及非编码 RNA;狭义上则指细胞所能转录出的所有 mRNA。转录组测序是研究细胞表型和功能的一个重要手段,可以在细胞或组织水平上对整个转录组的时空表达进行分析。利用高通量测序技术进行转录组测序是一种跨界、可靠、有效的获得转录组信息的手段。相对于传统的芯片杂交平台,转录组测序无需预先针对已知序列设计探针,即可对任意物种的整体转录活动进行检测,提供更精确的定量信息,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。通过对转录本表达分析可以快速发现新基因,并对 SNP 和 lnDel 变异、可变剪切、融合基因进行鉴定分析。

 

实验流程  Experimental Procedures



图片8 


实验周期及测序策略




实验类型

策略

推荐数据量

周期

真核有参转录组

Illumina Novaseq6000

PE150

6G Rawdata

20个工作日

真核无参转录组

6G Rawdata

25个工作日

表达谱

3G Rawdata

20个工作日


分析流程 Technical Procedures




       图片9

 

样品要求  Sample Requirements



 

实验类型

RNA样品总量

样品浓度和纯度

 样品质量

样品保存

样品运输

样品选择

转录组测序

≥1.0ug

样品浓度 >50 ng/μl,OD260/280 介于 1.8-2.0 之间,无肉眼可见污染 

 Agilent Bioanalyzer 仪器检测,则获得的总的 RNA 28S:18S >1,RIN动物>8,RIN植物>7.5

请选择DEPC 水保存样品,并在样品信息单中注明 

样品请置于 1.5 ml 管中,并使用封口膜封好,放置足够的干冰运输

对于细菌和真菌样品,希望尽量来自于同一个菌株,不要有宿主 DNA 污染

 

 

结果展示 Overview of Result




 

图片10 

样品PCA图,如果两个样本距离越远,则说明两个样本 reads 分布的差异越大。反之,则说明相应样本 reads 整体分布模式越接近。所以,PCA 分析常用于评估样本重复性的好坏。

图片11 

差异基因火山图,可直观显示表达差异显著性的基因/转录本整体分布情况能够得到在不同处理或不同表型的样品之间表达显著差异的基因/转录本。

 

图片12 

差异基因聚类热图,差异基因聚类分析用于判断基因在不同实验条件下调控模式的聚类模式。根据样品基因表达谱的相近程度,将基因进行聚类分析,直观地展示基因在不同样品(或是不同处理)中的表达情况,由此获取生物学相关信息。

 

图片13 

差异基因KEGG 富集气泡图,取富集前20KEGG绘制气泡图

图片14 

样品间相关性分析是以测序获得的所有基因或转录本的表达量为基础,分析样品两两之间的表达谱是否具有相关性的手段。艾基生物采用 Pearson 相关系数(r)来衡量两个变量间线性相关的关系,r 的绝对值越接近 1,表明样品之间表达模式的相似度越高,r 值为正值代表两样品的表达模式呈正相关关系,负值代表负相关关系。


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