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单细胞测序

服务介绍


       单细胞转录组测序是指通过含有polyT的寡核苷酸捕获单个细胞中的mRNA,在单细胞水平解读转录组信息。与单纯的RNA-seq不同的是,单细胞转录组测序能够揭示每个细胞被掩盖的特性。随着生物技术的创新,单细胞测序技术从一开始的高成本低通量,到现在的低成本高通量,单次可捕获高达10000个细胞。可用于细胞类型分析,免疫学研究,干细胞研究,细胞间异质性分析,发育生物学研究等。

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BD Rhapsody(基于microwell的原理)

 

平台优势 


l更低成本:靶向基因检测,避免看家基因占用的大量测序数据,大大节省了测序和分析成本;

l罕见转录本更高检出率:靶向定制panel,选定特定基因组合,提高UMI计数效率,罕见转录本检测阈值更低;

l超高细胞捕获效率:高达79%,远高于市场上目前所有大通量单细胞转录组测序技术;

l克服PCR扩增偏差:引入单细胞测序金标准,BD分子标签,降低非特异性表达;

l实现更高的分辨率:可以分辨更精细、微观的细胞群和细胞亚种群;

l反转录的磁珠超长稳定存储:完整cDNA可在磁珠微球结构保存长达16周,随用随取;

l灵活分样组合:单次实验,AbSeq kit其通过独特的抗体标记的方法,既可以提高样品通量(最多可12个样本同时建库,可等分,可随机组合);又可以同时进行单细胞蛋白和转录组联合检测,大大降低成本的同时,也为单细胞多组学研究提供了更高效的平台。

 图片2 

 

技术路线


图片3 

 


单细胞研究技生物信息分析展示


图片4 

样本要求


l总量> 104目标细胞个数(最少10,000个细胞)

l浓度500-1,000个/uL

l细胞间无粘连(成团率<5%)

l无大于40um的细胞碎片或其他颗粒物

l细胞成活率应大于80%(台盼蓝染色检测)

l不存在逆转录抑制剂和非细胞的核酸分子


常规项目周期


45-50个工作日


参考文献


1.Aizarani, N. et al. A human liver cell atlas reveals heterogeneity and epithelial progenitors. Nature 572, 199-204, doi:10.1038/s41586-019-1373-2 (2019).

2.Birey, F. et al. Assembly of functionally integrated human forebrain spheroids. Nature 545, 54-59, doi:10.1038/nature22330 (2017).

3.Fan, H. C., Fu, G. K. & Fodor, S. P. Expression profiling. Combinatorial labeling of single cells for gene expression cytometry. Science 347, 1258367, doi:10.1126/science.1258367 (2015).

4.Azizi, E. et al. Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment. Cell 174, 1293-1308 e1236, doi:10.1016/j.cell.2018.05.060 (2018).

5.Zheng, C. et al. Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing. Cell 169, 1342-1356 e1316, doi:10.1016/j.cell.2017.05.035 (2017).

6.Young, M. D. et al. Single-cell transcriptomes from human kidneys reveal the cellular identity of renal tumors. Science 361, 594-599, doi:10.1126/science.aat1699 (2018)


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