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宏基因组测序

服务介绍  Service Introduction



        宏基因组测序,是对特定环境样品中的微生物群落基因组进行高通量测序,以分析微生物群体基因组成及功能,解读微生物群体的多 样性与丰度,探求微生物与环境、微生物与宿主之间的关系,发掘和研究新的、具有特定功能的基因。基于高通量测序的宏基因组学研究 具有以下优势:

        1)很多自然界中的微生物并不能在实验室条件下进行培养,因此,无需进行分离培养而扩展了微生物的研究范围;

        2)该 方法对环境中微生物群落的多样性、功能基因等宏观特征进行了研究,更快更有效、准确的反应出微生物真实状态;

        3)无需基因组片段 在宿主菌中的富集,高通量测序能分析挖掘总体微生物中的物种种类以及功能基因,促进了宏基因组学在多种研究领域的广泛应用。


 

平台优势



      周期短:接收客户样品后,从质检合格到生物信息分析结束一般控制在 30-45 个工作日,根据项目样品数量,完成周期有所调整。

         技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供宏基因组、多组学实验方案、解决实验问题、

 

    

 

技术流程 Technical Procedures


图片1

 


生物信息学分析 Bioinformatics Analysis


 

生物信息学分析

宏基因组细菌多样性测序分析内容

宏基因组学分析内容

总体数据统计分析 

将 reads 与已测序微生物基因组(或参考序列)进行比对,得到物种分类信息以及每个物种上的 reads 个数统计

单个样品中微生物种类及丰度分析,序列聚类 OTU,群落结构分析

  对 reads 组装,得到 contigs 序列,根据 contig 的拼接结果,进行基因预测、基因功能注释、COG 分类、GO 分类、KEGG-KO 分类及KEGG-map 代谢图

  多个样品间比较分析,包括相似度比对,OTU 比较、多样品群落结构分析,PCA(主成分)分析

 


样品要求  Sample Requirements


  

实验类型

样品总量

样品浓度

样品纯度OD260/280

DNA质量

样品保存

样品运输

环境细菌多样性

1ug DNA

>50 ng/μl

1.8-2.0,无蛋白质、RNA 或肉眼可见杂质污染

基因组完整、无降解,电泳结果基因组 DNA 主带在预期位置,清晰,无弥散,cDNA 片段化样品,片段大小符合预期位置

请选择干粉、酒精、TE buffer 或超纯水一种,并在样品信息单中注明

请将样品置于 1.5 ml 管中,做好标记,并用封口膜好,并同《测序样品订单》一起放在塑料样品袋封口,基因组 DNA 如果用乙醇沉淀,可以常温运输。

宏基因组

3ug DNA

>30 ng/μl

注:为保证实验的质量及延续性,请一次提供至少两次的制备量

 


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