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扩增子测序


服务介绍  Service Introduction


        扩增子测序主要通过对特定长度的 PCR 产物进行测序分析,细菌的16S rRNA基因和真菌的ITS基因结构既具有保守性,又具有高变性。通过测序结果与数据库比较,可以分析环境细菌/真菌的菌群结构和多样性针对环境样本,16S/18S/ITS 等基因扩增子测序是研究环境微生物多样 性及群落组成差异的重要技术手段之一。


提供的服务 Services


     根据不同的研究目的和需求,我们提供 3 种扩增子产品:16S rDNA 测序、ITS 测序及目标区域扩增子测序。具体介绍如下: 

1、16S rDNA 测序:16S rDNA 为编码原核生物核糖体小亚基 rRNA 的 DNA 序列, 具有 10 个保守区域和 9 个高变区域(V1-V9),其中保守区在细菌间差异不大,高变区具有属或种的特异性,对 16S rDNA 某个高变区进行测序,用于研究环境微生物中细菌或古菌的群 落结构多样性。

图43.png

2、ITS 测序:ITS 分为两个区域:ITS1 和 ITS2,ITS1 位于真核生物 rDNA 序列 18S 和 5.8S 之间,ITS2 位于真核生物 rDNA 序列 5.8S 和 28S 之间。对 ITS1或 ITS2 进行测序,用于研究环境微生物中真菌群落结构多样性。

图44.png

3、目标区域扩增子测序:根据客户的研究需求,利用第二代高通量测序技术,对某些目标基因的 PCR 产物提供测序及分析服务。


实验流程


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分析内容


 

图45.png


样品要求  Sample Requirements


  

送样建议  送样量重复样品数DNA总量DNA浓度DNA纯度A260/A280DNA完整性PCR 产物
肠道样品粪便≥1g,至少大于500mg10-20个m≥0.25μg
推荐m≥0.5μg
c>5ng/μl1.8~2.0DNA无降解,即电泳有明显的主条带浓度 ≥ 20 ng/μl,总量 ≥ 400 ng,片段大小< 450 bp,条带单一,无降解,无引物二聚体。
环境样品水体50ml,推荐使用滤膜推注,2片以上3-5个
土壤样品土壤、淤泥≥50g10个


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