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简化基因组测序


服务介绍  Service Introduction


        RAD(Restriction-site Associated DNA)技术利用限制性内切酶消化基因组 DNA,通过连接接头和分选基因组酶切片段,可以获 得一小部分基因组序列,实现对酶切位点附近序列的深度测序并发现 SNP 以及 InDel 位点,该技术可以实现群体表型分离和相应 marker 的关联分析。

       限制性内切酶的选择,对于具有参考基因组的物种,可以进行电子预酶切,从而选择酶切位点数目比较合适的酶进行酶切,并根据电 子酶切的长度分布频率选择建库长度(一般在 200-300bp)。对于没有参考基因组的物种,需要利用多种限制性内切酶进行筛选。


服务优势


 项目周期短:简化了传统的ddRAD-seq流程,一般30个工作日即可完成ddRAD-seq建库。尤其适用于群体遗传等大批量群体的研究中。

分析多元化:RAD-seq下机数据可以有多个软件分析,最常用的为stacks,其余还有pyRAD以及TASSEL等。您可以根据自己需要选择软件进行分析。

自主性强:我们可根据您的需求选定不同的酶切方案(即选择适用所研究物种的限制性内切酶),获得更加个性化的数据。


技术流程 Technical Procedures


  图42.png



生物信息学分析 Bioinformatics Analysis


 

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样品要求  Sample Requirements


  kyfwtx.png  客户提供:目的物种的基因组信息或近源参考基因组的信息,限制性内切酶的种类信息;

  kyfwtx.png  样品总量:每个样品制备需要大于 3 μg 的样品,为保证实验质量及延续性,请一次性提供至少 4 μg 的样品;

  kyfwtx.png  样品浓度和纯度:样品浓度 >50 ng/μl,OD260/280 介于 1.8-2.0 之间,无蛋白质、RNA 或肉眼可见杂质污染; 

  kyfwtx.png  样品质量:基因组完整、无降解,电泳结果基因组 DNA 主带应在 -Hind III digest 最大条带 23 kb 以上且主带清晰,无弥散; 

  kyfwtx.png  样品保存:请选择干粉、酒精、TE buffer 或超纯水一种,并在样品信息单中注明。


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